Desaparece lo que se conoce como complemento presupuestario. Además, en ese acuerdo también la Iglesia renunciaba a la exención del IVA. Es un sistema respetuoso con la separación Iglesia-Estado, libre y democrático.
El Acuerdo de 3 de enero de 1979 entre la Santa sede y el Estado Español establece el compromiso del Estado de colaborar con el adecuado sostenimiento de la Iglesia católica. Estableciendo un sistema de Asignación Tributaria. Sin embargo, es en 2006 cuando la financiación de la Iglesia católica sufre una modificación fundamental: en la disposición adicional 18.ª de la Ley 42/2006 de 28 de diciembre, de los Presupuestos Generales del Estado para 2007, se establece el nuevo sistema de Asignación Tributaria, vigente desde 2007, por el cual la Iglesia ya no recibe cantidades con cargo a los Presupuestos Generales del Estado para su sostenimiento básico.
De esta forma, los ciudadanos que lo deseen pueden decidir que el 0,7% de sus impuestos de la declaración de la Renta se destine a las necesidades de la Iglesia. Este hecho es de una gran importancia, puesto que, de este modo, el sostenimiento de la Iglesia depende exclusivamente de las aportaciones directas y voluntarias de los fieles a través de las distintas fuentes de financiación.
Además de estos aspectos, el nuevo sistema de Asignación Tributaria ha traído consigo otros hechos de gran importancia como la elevación, con carácter indefinido, del porcentaje de Asignación Tributaria que pasa del 0,5239% al 0,7% y la renuncia de la exención por IVA en la adquisición de bienes inmuebles y en la adquisición de objetos destinados al culto. Este es uno de los aspectos fundamentales en la financiación de la Iglesia Católica en España.
